R 安装及使用

R 语言是一种自由软件编程语言与操作环境，主要用于统计分析、绘图以及数据挖掘。R由新西兰奥克兰大学的统计学家罗斯·伊哈卡和罗伯特·杰特曼开发，现在由R 核心小组负责开发，同时也有其他用户编写了诸多外挂的软件包。R 以 S 语言为基础，其词法作用域语义来自 Scheme。R的后台程序大多由C语言、FORTRAN语言和R自己写成。

本教程将介绍如何在 SonmiHPC 集群系统上安装 R 环境，并提供给集群上用户使用。

安装方式

R 的安装有多种方式，主要有下面的几种：

使用 YUM/DNF 系统自带的包管理器进行安装；
使用 Anaconda/Miniconda 等虚拟环境管理软件来安装；
直接从 R 源码从头编译安装。

下面分别介绍这三种安装方式，在集群上面主要推荐第2和第3种方法。

1. 使用包管理器安装

使用有 sudo 权限的用户或者 root 用户，执行下面的命令进行安装：

shell

dnf --enablerepo=crb install -y flexiblas-devel libtirpc-devel
dnf install -y epel-release
dnf install -y R

dnf --enablerepo=crb install -y flexiblas-devel libtirpc-devel
dnf install -y epel-release
dnf install -y R

不过该方法只能在当前的节点中进行安装的，其他计算节点没有执行以上命令的不会自动进行安装，因此不推荐该方式。

2. 使用 conda 安装 R 虚拟环境

在集群已经安装了 Anaconda 或者 Miniconda 的前提下，可以使用下面的命令来安装 R 环境。

shell

conda create -n r_env r-essentials r-base

conda create -n r_env r-essentials r-base

安装完成后激活环境即可：

shell

conda activate r_env

conda activate r_env

3. 直接从源码编译安装

该方法比较适合集群上面使用，因此也推荐该方式。

执行下面的命令，安装必要的依赖：

shell

dnf install -y gcc gcc-gfortran gcc-c++ zlib zlib-devel bzip2 bzip2-devel xz xz-devel pcre2 pcre2-devel libcurl libcurl-devel readline readline-devel java-11-openjdk-headless

dnf install -y gcc gcc-gfortran gcc-c++ zlib zlib-devel bzip2 bzip2-devel xz xz-devel pcre2 pcre2-devel libcurl libcurl-devel readline readline-devel java-11-openjdk-headless

下载最新的 4.4.1 版本的源码压缩包，并解压缩：

shell

wget https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/CRAN/src/base/R-4/R-4.4.1.tar.gz --no-check-certificate
tar xzvf R-4.4.1.tar.gz
cd R-4.4.1
tools/rsync-recommended

wget https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/CRAN/src/base/R-4/R-4.4.1.tar.gz --no-check-certificate
tar xzvf R-4.4.1.tar.gz
cd R-4.4.1
tools/rsync-recommended

编译 R：

假如处在conda的虚拟环境中，请先退出所有虚拟环境：

conda deactivate

conda deactivate

再执行下面命令进行安装：

./configure --prefix=/share/apps/R/4.4.1 --with-x=no --enable-R-shlib
make && make install

./configure --prefix=/share/apps/R/4.4.1 --with-x=no --enable-R-shlib
make && make install

为方便集群内其他用户使用，修改安装路径权限：

shell

chmod -R 755 /share/apps/R/4.4.1

chmod -R 755 /share/apps/R/4.4.1

Modulefile 文件编写

编译好的 R 环境可以通过 Module 模块的方式提供给集群上其他用户使用，创建下面的路径：

shell

mkdir -p /share/apps/modulefiles/R

mkdir -p /share/apps/modulefiles/R

在该路径下创建一个新的文件：

shell

cd /share/apps/modulefiles/R && vim 4.4.1

cd /share/apps/modulefiles/R && vim 4.4.1

新增文件内容如下：

#%Module###########################################
set modulefilename "R"
set modulefilever  "4.4.1"

set min_tcl_ver 8.4
if { $tcl_version < $min_tcl_ver } {
    puts stderr " "
    puts stderr "ERROR: This modulefile requires tcl $min_tcl_ver or greater."
    puts stderr "Your system reports that tclsh version $tcl_version is installed."
    exit 1
}

if { [ module-info mode load ] } {
    puts stderr "Loading $modulefilename version $modulefilever"
}

if { [ module-info mode ] == "unload" || [ module-info mode ] == "remove" } {
    puts stderr "Removing $modulefilename version $modulefilever"
    puts stderr "Use  to view any remaining dependent modules."
}

prepend-path PATH /share/apps/R/4.4.1/bin
prepend-path PKG_CONFIG_PATH /share/apps/R/4.4.1/lib64/pkgconfig
prepend-path MANPATH /share/apps/R/4.4.1/share/man

#%Module###########################################
set modulefilename "R"
set modulefilever  "4.4.1"

set min_tcl_ver 8.4
if { $tcl_version < $min_tcl_ver } {
    puts stderr " "
    puts stderr "ERROR: This modulefile requires tcl $min_tcl_ver or greater."
    puts stderr "Your system reports that tclsh version $tcl_version is installed."
    exit 1
}

if { [ module-info mode load ] } {
    puts stderr "Loading $modulefilename version $modulefilever"
}

if { [ module-info mode ] == "unload" || [ module-info mode ] == "remove" } {
    puts stderr "Removing $modulefilename version $modulefilever"
    puts stderr "Use  to view any remaining dependent modules."
}

prepend-path PATH /share/apps/R/4.4.1/bin
prepend-path PKG_CONFIG_PATH /share/apps/R/4.4.1/lib64/pkgconfig
prepend-path MANPATH /share/apps/R/4.4.1/share/man

保存后，设置一下权限：

shell

chmod -R 755 /share/apps/modulefiles

chmod -R 755 /share/apps/modulefiles

集群上面用户可以通过下面的命令来查看该模块：

[root@sonmi R]# module avail 
 -------------------- /share/apps/modulefiles --------------------
R/4.4.1

[root@sonmi R]# module avail 
 -------------------- /share/apps/modulefiles --------------------
R/4.4.1

用户可以通过执行下面的命令来加载该模块：

shell

module load R/4.4.1

module load R/4.4.1

R 安装及使用 ​

安装方式 ​

1. 使用包管理器安装 ​

2. 使用 conda 安装 R 虚拟环境 ​

3. 直接从源码编译安装 ​

参考链接 ​

R 安装及使用

安装方式

1. 使用包管理器安装

2. 使用 conda 安装 R 虚拟环境

3. 直接从源码编译安装

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