SonmiHPCAmber 安装及使用
Amber 是一套生物分子动力学模拟软件，主要用于蛋白质、核酸、糖等生物大分子的计算模拟。该软件为商业软件，非商业使用用户可以在官网登记相关信息后，下载软件安装包。
本教程只涉及如何在 SonmiHPC 上安装该软件，不提供软件安装包下载渠道，用户需自行获取该软件授权。
该软件分为 AmberTools 和 Amber 两部分，需要分别安装。 AmberTools 是免费独立工具包，安装 Amber 前需先安装该工具包。
AmberTools 安装方式
主要介绍以下两种方式来安装 AmberTools :
- 使用 Conda 安装，该方式只能安装预编译的串行版本；
- 从源码编译安装。
使用 conda 安装 AmberTools23
在已经安装了 conda 的基础上，可以安装下面流程来进行安装 AmberTools23。
创建并激活一个虚拟环境：
shell
conda create --name AmberTools23
conda activate AmberTools23conda create --name AmberTools23
conda activate AmberTools23然后执行下面命令安装 Amber:
shell
conda install -c conda-forge ambertools=23conda install -c conda-forge ambertools=23后续有更新，可以通过下面命令来更新程序：
shell
conda update -c conda-forge ambertoolsconda update -c conda-forge ambertools从源码编译安装 AmberTool24 和Amber
首先在 Amber 官网登记并下载到 AmberTools24 的源码包与Amber24源码包，并上传到集群中同一个目录下进行解压：
shell
tar xvf AmberTools24.tar.bz2
tar xvf Amber24.tar.bz2
cd amber24_src/tar xvf AmberTools24.tar.bz2
tar xvf Amber24.tar.bz2
cd amber24_src/激活 Intel OneAPI 编译环境：
shell
source /opt/intel/oneapi/setvars.shsource /opt/intel/oneapi/setvars.sh进入 build 目录中，并编辑 run_cmake 脚本：
shell
vim run_cmakevim run_cmake找到下面这一段代码，修改下面几项目：
- -DCMAKE_INSTALL_PREFIX：软件安装路径，设置为 /share/apps/amber/24
- -DCOMPILER: 使用的编译器，使用 OneAPI 套件的话设置为 INTELLLVM 或 ONEAPI
- -DMPI: 是否使用MPI，需要使用并行加速则设置为TRUE
- -DCUDA: 是否使用CUDA，如果需要显卡加速可以设置为 TRUE
- -DDOWNLOAD_MINICONDA: 是否下载 miniconda，保留默认值
最终修改完成的内容如下：
shell
# Assume this is Linux:
cmake $AMBER_PREFIX/amber24_src \
-DCMAKE_INSTALL_PREFIX=/share/apps/amber/24 \
-DCOMPILER=INTELLLVM \
-DMPI=TRUE -DCUDA=FALSE -DINSTALL_TESTS=TRUE \
-DDOWNLOAD_MINICONDA=TRUE \
2>&1 | tee cmake.log# Assume this is Linux:
cmake $AMBER_PREFIX/amber24_src \
-DCMAKE_INSTALL_PREFIX=/share/apps/amber/24 \
-DCOMPILER=INTELLLVM \
-DMPI=TRUE -DCUDA=FALSE -DINSTALL_TESTS=TRUE \
-DDOWNLOAD_MINICONDA=TRUE \
2>&1 | tee cmake.log保存后，退出文件编辑状态，之后运行该脚本。
shell
./run_cmake./run_cmake没有报错的话，当前目录下将会生成 Makefile，执行下面命令进行编译：
shell
make -j && make installmake -j && make install