Kraken 2 编译安装及使用

Kraken 是用于宏基因组DNA序列进行物种注释的软件，该软件通过查询序列中的 k-mers 与数据库进行比对。Kraken 2主程序包含 kraken2 和 kraken2-build 以及一些其他的脚本程序。下面介绍如何在 SonmiHPC 集群系统上安装及使用 Kraken 2。

下面分别介绍两种安装方式：

使用 conda 安装 Kraken 2
从源码编译安装 Kraken 2

使用 conda 安装 Kraken 2

建议重新创建一个单独的虚拟环境用于安装Kraken 2，并激活该虚拟环境：

shell

conda create -n kraken2
conda activate kraken2

conda create -n kraken2
conda activate kraken2

使用下面的命令安装 Kraken 2:

shell

conda install bioconda::kraken2

conda install bioconda::kraken2

后续需要使用的时候激活该虚拟环境即可。

从源码编译安装 Kraken 2

直接从Github 官方仓库拉取源码：

shell

git clone https://github.com/DerrickWood/kraken2.git

git clone https://github.com/DerrickWood/kraken2.git

进入源码目录中：

shell

cd kraken2

cd kraken2

执行如下的命令进行安装：

shell

# 设置安装路径并安装，该例子中将安装在/share/apps/kraken2下
./install_kraken2.sh /share/apps/kraken2

# 设置安装路径并安装，该例子中将安装在/share/apps/kraken2下
./install_kraken2.sh /share/apps/kraken2

为方便集群上面其他用户使用，创建如下的目录，并在该目录下创建Modulefile文件：

shell

mkdir -p /share/apps/modulefiles
cd /share/apps/modulefiles && vim kraken2

mkdir -p /share/apps/modulefiles
cd /share/apps/modulefiles && vim kraken2

新建的文件内容如下：

tcl

#%Module###########################################
set modulefilename "kraken2"
set modulefilever  "v2.1.3"

set min_tcl_ver 8.4
if { $tcl_version < $min_tcl_ver } {
    puts stderr " "
    puts stderr "ERROR: This modulefile requires tcl $min_tcl_ver or greater."
    puts stderr "Your system reports that tclsh version $tcl_version is installed."
    exit 1
}

if { [ module-info mode load ] } {
    puts stderr "Loading $modulefilename version $modulefilever"
}

if { [ module-info mode ] == "unload" || [ module-info mode ] == "remove" } {
    puts stderr "Removing $modulefilename version $modulefilever"
    puts stderr "Use  to view any remaining dependent modules."
}

prepend-path PATH /share/apps/kraken2

#%Module###########################################
set modulefilename "kraken2"
set modulefilever  "v2.1.3"

set min_tcl_ver 8.4
if { $tcl_version < $min_tcl_ver } {
    puts stderr " "
    puts stderr "ERROR: This modulefile requires tcl $min_tcl_ver or greater."
    puts stderr "Your system reports that tclsh version $tcl_version is installed."
    exit 1
}

if { [ module-info mode load ] } {
    puts stderr "Loading $modulefilename version $modulefilever"
}

if { [ module-info mode ] == "unload" || [ module-info mode ] == "remove" } {
    puts stderr "Removing $modulefilename version $modulefilever"
    puts stderr "Use  to view any remaining dependent modules."
}

prepend-path PATH /share/apps/kraken2

保存后，设置一下权限：

shell

chmod -R 755 /share/apps/modulefiles

chmod -R 755 /share/apps/modulefiles

集群上面的其他用户可以通过下面的命令来加载该模块：

shell

module load kraken2

module load kraken2

标准数据库构建

个性数据库构建

参考链接

Kraken 2 Github仓库

Kraken 2 编译安装及使用 ​

使用 conda 安装 Kraken 2 ​

从源码编译安装 Kraken 2 ​

标准数据库构建 ​

个性数据库构建 ​

参考链接 ​

Kraken 2 编译安装及使用

使用 conda 安装 Kraken 2

从源码编译安装 Kraken 2

标准数据库构建

个性数据库构建

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