SonmiHPCGATK 安装及使用
基因组分析工具包（Genome Analysis Toolkit，简称GATK）是由布罗德研究所开发的软件包，用于分析新一代重测序数据。该工具包提供了多种工具，主要侧重于变异发现和基因分型，并强调数据质量保证。其稳健的架构、强大的处理引擎和高性能计算功能使其能够应对任何规模的项目。
本教程将介绍如何在 SonmiHPC 集群上安装 GATK4 版本，并提供给集群中用户使用。
下载安装
在安装 GATK 之前请先确认集群上是否已有 Java 8/ JDK 1.8 环境，如果没有可以查看 OpenJDK 的安装文档进行安装。可以通过下面命令查看是否已经安装以及版本：
shell
which java
java -versionwhich java
java -version部分工具集需要集群上有 R 或者 Python 环境，如果没有的话也可以查看本站的相关安装文档。
直接从 GATK 的 Github 仓库下载软件压缩包，如果由于国内防火长城原因无法下载，请在本地电脑使用代理进行下载后再上传到集群上：
shell
wget https://github.com/broadinstitute/gatk/releases/download/4.6.0.0/gatk-4.6.0.0.zipwget https://github.com/broadinstitute/gatk/releases/download/4.6.0.0/gatk-4.6.0.0.zip下载完成后直接进行解压：
shell
unzip gatk-4.6.0.0.zipunzip gatk-4.6.0.0.zip为方便集群上用户使用，创建一个文件夹，并把解压出来的文件复制到新建的文件夹中：
shell
mkdir -p /share/apps/gatk/4.6.0.0
cp -r gatk-4.6.0.0/. /share/apps/gatk/4.6.0.0/
chmod -R 755 /share/apps/gatk/4.6.0.0/mkdir -p /share/apps/gatk/4.6.0.0
cp -r gatk-4.6.0.0/. /share/apps/gatk/4.6.0.0/
chmod -R 755 /share/apps/gatk/4.6.0.0/Modulefile 编写
将 GATK 以模块加载的方式提供给集群中其他用户使用时，创建下面文件夹，并在该路径下创建 Modulefile 文件：
shell
mkdir -p /share/apps/modulefiles/gatk
cd /share/apps/modulefiles/gatk/ && vim 4.6.0.0mkdir -p /share/apps/modulefiles/gatk
cd /share/apps/modulefiles/gatk/ && vim 4.6.0.0新建文件内容如下：
#%Module###########################################
set modulefilename "GATK"
set modulefilever "4.6.0.0"
set min_tcl_ver 8.4
if { $tcl_version < $min_tcl_ver } {
puts stderr " "
puts stderr "ERROR: This modulefile requires tcl $min_tcl_ver or greater."
puts stderr "Your system reports that tclsh version $tcl_version is installed."
exit 1
}
if { [ module-info mode load ] } {
puts stderr "Loading $modulefilename version $modulefilever"
}
if { [ module-info mode ] == "unload" || [ module-info mode ] == "remove" } {
puts stderr "Removing $modulefilename version $modulefilever"
puts stderr "Use to view any remaining dependent modules."
}
prepend-path PATH /share/apps/gatk/4.6.0.0#%Module###########################################
set modulefilename "GATK"
set modulefilever "4.6.0.0"
set min_tcl_ver 8.4
if { $tcl_version < $min_tcl_ver } {
puts stderr " "
puts stderr "ERROR: This modulefile requires tcl $min_tcl_ver or greater."
puts stderr "Your system reports that tclsh version $tcl_version is installed."
exit 1
}
if { [ module-info mode load ] } {
puts stderr "Loading $modulefilename version $modulefilever"
}
if { [ module-info mode ] == "unload" || [ module-info mode ] == "remove" } {
puts stderr "Removing $modulefilename version $modulefilever"
puts stderr "Use to view any remaining dependent modules."
}
prepend-path PATH /share/apps/gatk/4.6.0.0保存后，设置一下权限：
shell
chmod -R 755 /share/apps/modulefileschmod -R 755 /share/apps/modulefiles集群上面的其他用户可以通过下面的命令来加载该模块：
shell
module load gatk/4.6.0.0module load gatk/4.6.0.0